DECISION MODEL DATA · 科学与技术

PDB

蛋白质结构库条目目录、文件状态及结构元数据示例。

API 调用说明

能回答的问题

哪些结构条目已发布、撤销或尚未发布？
已收录结构示例采用什么实验方法和晶胞参数？

状态与已知缺口

部分可用

已收录多类资料，但产品、字段及历史覆盖仍不完整；请按各产品的范围和已知缺口使用。

条目目录和文件清单不等于已提供所有原子坐标。
不同官方目录的当前条目集合仍需核对，结构详情目前为示例。
已发布及废止结构更新时间目录为标量日期，尚未提供为对象记录；其他目录缺少统一可读的条目标识，不能据此完整重建结构目录。

提供方

wwPDB / RCSB PDB · 官方来源

PRODUCT

移除条目目录

pdb_all_removed_entries

每个条目一行，保存已移除结构条目的记录及替代或移除信息；文件清单中的提供方引用不表示文件内容已收录。

粒度: 每个条目一行
时间范围: 1972-08-10 ～ 2026-09-23 · 原始目录值中的存放、发布或移除日期（如有）
采集时间: 2026-10-06T13:00:02.401758Z ～ 2026-10-06T13:00:02.401758Z
记录数: 6,129

API 调用示例

使用现有 Friends API Key；分页时将响应的 next_cursor 作为 cursor 继续读取。

HTTP · GET

/api/v1/data/datasets/decision_model/records/rows?product=pdb_all_removed_entries&limit=100

字段表 · 12 个字段

字段名	中文说明
`content_type`	提供方资源类型或类型对应引用
`deposit_date`	条目存放日期
`deposition_authors`	条目提交者姓名列表
`details`	提供方原生字段；含义暂未补充。
`obsolete_date`	提供方原生字段；含义暂未补充。
`release_date`	条目首次发布日期
`remote_accession_code`	替代资源的公开条目标识
`remote_repository_name`	替代资源提供方名称
`remote_repository_title`	替代资源标题
`status_code`	提供方条目状态代码
`superseded_by`	提供方原生字段；含义暂未补充。
`title`	标题（有些来源保留多语言或 HTML 对象）

PRODUCT

当前结构文件目录

pdb_current_file_holdings

每个条目一行，保存当前结构条目及其可用文件类型和提供方文件引用；文件清单中的提供方引用不表示文件内容已收录。

粒度: 每个条目一行
时间范围: 未提供～未提供 · 当前文件清单快照；通常无统一观测日期
采集时间: 2026-10-06T13:00:03.802677Z ～ 2026-10-06T13:00:03.802677Z
记录数: 260,320

API 调用示例

使用现有 Friends API Key；分页时将响应的 next_cursor 作为 cursor 继续读取。

HTTP · GET

/api/v1/data/datasets/decision_model/records/rows?product=pdb_current_file_holdings&limit=100

字段表 · 13 个字段

字段名	中文说明
`assembly_mmcif`	提供方 assembly_mmcif 文件引用列表
`assembly_pdb`	提供方原生字段；含义暂未补充。
`combined_nmr_data_nef`	提供方原生字段；含义暂未补充。
`combined_nmr_data_nmr-star`	提供方原生字段；含义暂未补充。
`mmcif`	提供方 mmcif 文件引用列表
`nmr_chemical_shifts`	提供方原生字段；含义暂未补充。
`nmr_restraints_v1`	提供方原生字段；含义暂未补充。
`pdb`	提供方原生字段；含义暂未补充。
`pdbml`	提供方 pdbml 文件引用列表
`pdbml_extatom`	提供方 pdbml_extatom 文件引用列表
`pdbml_noatom`	提供方 pdbml_noatom 文件引用列表
`structure_factors`	提供方 structure_factors 类型的原始更新时间或引用
`validation_report`	提供方验证报告文件引用列表

PRODUCT

废止实验数据更新时间

pdb_obsolete_experimental_data_last_modified_dates

每个条目一行，保存已废止条目实验数据类型及最后修改时间；文件清单中的提供方引用不表示文件内容已收录。

粒度: 每个条目一行
时间范围: 2007-04-25 ～ 2026-09-18 · 原始目录值中各数据类型的最后修改时间
采集时间: 2026-10-06T13:00:11.842975Z ～ 2026-10-06T13:00:11.842975Z
记录数: 3,572

API 调用示例

使用现有 Friends API Key；分页时将响应的 next_cursor 作为 cursor 继续读取。

HTTP · GET

/api/v1/data/datasets/decision_model/records/rows?product=pdb_obsolete_experimental_data_last_modified_dates&limit=100

字段表 · 3 个字段

字段名	中文说明
`nmr_chemical_shifts`	提供方原生字段；含义暂未补充。
`nmr_restraints_v1`	提供方原生字段；含义暂未补充。
`structure_factors`	提供方 structure_factors 类型的原始更新时间或引用

PRODUCT

参考数据条目目录

pdb_refdata_id_list

每个条目一行，保存参考数据条目的内容类型、发布状态及修改时间；文件清单中的提供方引用不表示文件内容已收录。

粒度: 每个条目一行
时间范围: 2013-10-10 ～ 2026-09-25 · 原始目录值中的 last_modified_date（如有）
采集时间: 2026-10-06T13:00:14.788215Z ～ 2026-10-06T13:00:14.788215Z
记录数: 53,529

API 调用示例

使用现有 Friends API Key；分页时将响应的 next_cursor 作为 cursor 继续读取。

HTTP · GET

/api/v1/data/datasets/decision_model/records/rows?product=pdb_refdata_id_list&limit=100

字段表 · 3 个字段

字段名	中文说明
`content_type`	提供方资源类型或类型对应引用
`last_modified_date`	提供方资源最近修改日期
`release_status`	提供方发布状态

PRODUCT

已发布实验数据更新时间

pdb_released_experimental_data_last_modified_dates

每个条目一行，保存已发布条目实验数据类型及最后修改时间；文件清单中的提供方引用不表示文件内容已收录。

粒度: 每个条目一行
时间范围: 2007-06-04 ～ 2026-09-25 · 原始目录值中各数据类型的最后修改时间
采集时间: 2026-10-06T13:00:16.340849Z ～ 2026-10-06T13:00:16.340849Z
记录数: 210,207

API 调用示例

使用现有 Friends API Key；分页时将响应的 next_cursor 作为 cursor 继续读取。

HTTP · GET

/api/v1/data/datasets/decision_model/records/rows?product=pdb_released_experimental_data_last_modified_dates&limit=100

字段表 · 6 个字段

字段名	中文说明
`combined_nmr_data_nef`	提供方原生字段；含义暂未补充。
`combined_nmr_data_nmr-star`	提供方原生字段；含义暂未补充。
`nmr_chemical_shifts`	提供方原生字段；含义暂未补充。
`nmr_restraints_v1`	提供方原生字段；含义暂未补充。
`nmr_restraints_v2`	提供方原生字段；含义暂未补充。
`structure_factors`	提供方 structure_factors 类型的原始更新时间或引用

PRODUCT

结构详情示例

pdb_structure_sample

每个已收录 RCSB 结构详情对象一行，包含结构标识、实验方法、晶胞、参考文献及版本信息；当前为指定结构示例。

粒度: 每个结构条目一行
时间范围: 1984-07-17 ～ 2026-08-12 · rcsb_accession_info 内首次发布及修订日期
采集时间: 2026-10-04T07:55:50.416203Z ～ 2026-10-04T07:55:50.416203Z
记录数: 1

API 调用示例

使用现有 Friends API Key；分页时将响应的 next_cursor 作为 cursor 继续读取。

HTTP · GET

/api/v1/data/datasets/decision_model/records/rows?product=pdb_structure_sample&limit=100

字段表 · 28 个字段

字段名	中文说明
`audit_author`	提供方原生字段；含义暂未补充。
`cell`	晶胞参数
`citation`	提供方原生字段；含义暂未补充。
`database_2`	提供方原生字段；含义暂未补充。
`diffrn`	提供方原生字段；含义暂未补充。
`entry`	提供方原生字段；含义暂未补充。
`exptl`	结构测定实验方法
`exptl_crystal`	提供方原生字段；含义暂未补充。
`pdbx_audit_revision_category`	提供方原生字段；含义暂未补充。
`pdbx_audit_revision_details`	提供方原生字段；含义暂未补充。
`pdbx_audit_revision_group`	提供方原生字段；含义暂未补充。
`pdbx_audit_revision_history`	提供方原生字段；含义暂未补充。
`pdbx_audit_revision_item`	提供方原生字段；含义暂未补充。
`pdbx_database_PDB_obs_spr`	提供方原生字段；含义暂未补充。
`pdbx_database_related`	提供方原生字段；含义暂未补充。
`pdbx_database_status`	提供方原生字段；含义暂未补充。
`pdbx_vrpt_summary`	提供方原生字段；含义暂未补充。
`pdbx_vrpt_summary_geometry`	提供方原生字段；含义暂未补充。
`rcsb_accession_info`	存放、发布及最新修订时间
`rcsb_entry_container_identifiers`	提供方原生字段；含义暂未补充。
`rcsb_entry_info`	条目实验和结构概要
`rcsb_id`	RCSB 结构条目标识
`rcsb_primary_citation`	主要参考文献
`refine`	提供方原生字段；含义暂未补充。
`refine_hist`	提供方原生字段；含义暂未补充。
`struct`	结构名称及描述
`struct_keywords`	结构关键词
`symmetry`	晶体对称性信息

PRODUCT

未发布条目目录

pdb_unreleased_entries

每个条目一行，保存已存放但尚未发布的条目状态及可公开元数据；文件清单中的提供方引用不表示文件内容已收录。

粒度: 每个条目一行
时间范围: 1998-04-24 ～ 2028-02-07 · 原始目录值中的存放日期与状态日期（如有）
采集时间: 2026-10-06T13:00:20.332208Z ～ 2026-10-06T13:00:20.332208Z
记录数: 35,740

API 调用示例

使用现有 Friends API Key；分页时将响应的 next_cursor 作为 cursor 继续读取。

HTTP · GET

/api/v1/data/datasets/decision_model/records/rows?product=pdb_unreleased_entries&limit=100

字段表 · 9 个字段

字段名	中文说明
`author_prerelease_sequence_status`	提交者的序列提前公开状态
`deposit_date`	条目存放日期
`deposit_date_coordinates`	坐标资料存放日期
`deposit_date_structure_factors`	提供方原生字段；含义暂未补充。
`deposition_authors`	条目提交者姓名列表
`hold_date_coordinates`	提供方原生字段；含义暂未补充。
`prerelease_sequence_available_flag`	序列提前公开标记
`status_code`	提供方条目状态代码
`title`	标题（有些来源保留多语言或 HTML 对象）

数据观测时间 2026-10-06T17:38:47.854586Z